Системные программы для iPad
Flash в iPad - плагин для Safary

Adobe и Apple так и не могут договориться по поводу использования flash на мобильных устройствах. Вот почему это приложение не появилось в appStore а доступно только для ipad с jailbreak из программы Cydia. Плагин для Safary показывает flash контент на html страницах. В отличие от браузера Skyfire, отображает все flash элементы, а не только видео. Работает не очень стабильно, при просмотре огромных всплывающих баннеров вылетает. Но в целом, это вполне рабочая версия flash для ipad.
Удаленный доступ к компьютеру с iPad

iTeleport for iPad является в настоящее время самой продвинутой программой удаленного доступа по протоколу VNC. Разработанная первоначально для iPhone, она именовалась Jaadu VNC и уже тогда отличалась потрясающей производительностью и функциональностью.
С переходом на iPad эти качества только усилились. Программа способна работать с большинством VNC-серверов, но наиболее эффективно она взаимодействует с VNC-сервером iTeleport Connect, версии которого для Windows и MacOS X можно скачать на сайте производителя ( http://www.iteleportmobile.com/connect ).
Менеджер файлов для ipad

Коротко: Это лучший на сегодняшний день.
Детально: Ну и какая разница что называется он iPhone Folders. На этих двух устройствах операционная система практически одинаковая.
Для полноценного доступа к файлам на iPad необходимо сделать Джейлбрейк (Jailbreak), как смотрите здесь Jailbreak iPad 3.2.2.
Очень простой и, на мой взгляд, очень удачный файл менеджер для iPad.
Напрямую встраивается в проводник Windows и позволяет вам просматривать содержимое файловой системы как еще один виртуальный диск на компьютере.
После установки вы найдете его в папке “Мой компьютер” Windows XP или “Компьютер” Windows Vista/7. При использовании 64-битных ОС диск в папке “Компьютер” не появляется, запуск программы производится с помощью ярлыка, устанавливаемого на рабочем столе.
Кому интересно - далее .....
FileBrowser для доступа и копирования файлов с удаленных компьютеров на iPad

FileBrowser – это все равно что Windows Explorer или Mac Finder на вашем iPad для доступа и копирования файлов с удаленных компьютеров, включая Windows, Mac и Сетевых (NAS) дисков.
iFile – файл-менеджер для iPad

iFile – файл-менеджер для iPad, который предоставляет полный доступ к файловой системе устройства, после его джейлбрейка и позволяет открывать огромное количество форматов, редактировать файлы/папки, изменять атрибуты, архивировать и разархивировать zip-архивы и т.д.
Джейлбрейк открывает полный доступ к файловой системе устройства, и даёт возможность пользователю делать с любыми файлами всё, что душа пожелает. Но одной этой возможности мало, поскольку нужен удобный инструмент для работы с файлами. Существует большое количество файловых менеджеров для доступа к содержимому iPad с компьютера, но вот программ, которые бы запускались из самого iPad, не так много. И вряд ли хоть одна из них сравнится по функционалу с iFile.